短程分子蒸餾器筒體的長徑比L/D通常應該根據物料性質與分離要求控制在3～6范圍內，但是還要通過結構設計予以調整，即通過加熱器與冷凝器的結構尺寸來決定。筒體須控制圓度與表面粗糙度，以適應刮板運動和成膜的需要。夾套的長度與分段則根據提供能源的途徑、內部冷凝器結構以及刮板具體尺寸等參數來確定。當能源為導熱油時，夾套內部可以考慮設置導流板，以強化加熱器的蒸發傳熱過程。筒體與上下封頭組成密閉空腔。連接處須采用可靠的密封結構，以滿足分子蒸餾過程要求的高真空度的嚴格要求。此外，還要根據短程分子蒸餾器結構需要，在筒體上開設必要的工藝儀表接口、冷卻水進出口和蒸出液、蒸余液出口管等。